Annotation and comparative analysis of seagrass and African crop genomes
PhD candidate: Ma, Xiao
Supervisor: Prof. dr. Yves Van de Peer, WE09
Genoomannotatie is een substantiële hoeksteen van elk genoomproject en omvat twee stappen: ten eerste de identificatie van gen-exon-intron-structuren, en ten tweede de toewijzing van genfuncties. De pijplijn van structurele annotatie vormt doorgaans een combinatie van ab initio-voorspelling, eiwithomologie en RNA-sequencing (RNA-seq) bewijs, evenals handmatige curatie, maar deze laatste stap (handmatige curatie) wordt door veel onderzoekers vaak over het hoofd gezien. Vervolgens richtte onze focus zich op het onderzoeken van de aanpassingen die hielpen hun evolutie vorm te geven, waarbij we gebruik maakten van de inzichten uit de genoomannotatie. In dit proefschrift beschrijven we de gedetailleerde genoomanalyse van acht organismen, zoals de volledige genoomduplicatie, chromosoomherschikkingen, genverliezen en -winsten, uitbreidingen en samentrekkingen van specifieke genfamilies en hun unieke evolutie
Date: Friday 17 November 2023, 16:00
Location: FSVM-gebouw, Technologiepark 927, 9052 Zwijnaarde